Rutan Balikpapan mulai dibangun pada tahun 1987, dan diresmikan penggunaannya oleh Bapak Inf. TNI-AD H. Tjup Tjup Suparna sebagai Walikota Balikpapan pada tanggal 15 Mei 1990. 

Dalam perjalanan sejarahnya selama lebih kurang 33 tahun Rumah Tahanan Negara Klas II B Balikpapan selalu berupaya untuk tetap konsisten dengan maksud awal pembentukannya, yang antara lain sebagai tempat tersangka dan terdakwa selama menjalani proses penyidikan, penuntutan dan pemeriksaan di depan pengadilan.

Dengan kata lain Rutan telah memfokuskan perlakuan dan pelayanan serta perawatan Tahanan yang walaupun dalam pelaksanaannya juga memberikan pembinaan terhadap Narapidana tertentu.

Dalam perkembangan terakhir dan sejalan dengan semangat reformasi yang antara lain menghendaki terciptanya supremasi hukum yang meliputi pembangunan materi hukum/pembentukan hukum, penegakan hukum serta pelaksanaan kewenangan dan kompetensi dari aparat hukum itu sendiri.

Maka untuk itu Rutan Balikpapan telah menetapkan dirinya untuk menjadi sebuah Rutan yang Beriman, mangandung pengertian bahwa Rutan Balikpapan adalah Rutan yang bersih indah aman dan nyaman. Di dalam empat pengertian tersebut terkandung makna bahwa dari bersihnya tempat hunian, kantor, dan petugas dari yang tidak sedap dipandang mata akan terciptalah suasana yang sehat dan indah, suasana yang sehat dan indah akan terciptalah lingkungan yang nyaman untuk bekerja dan sekaligus mereduksi kondisi kejiwaan penghuni yang relatif resah dan tidak terarah, sehingga diharapkan akan terciptalah suasana yang tertib, aman dan nyaman.

Dengan adanya kondisi yang kondusif diharapkan akan lahir suatu bentuk keteraturan peri kehidupan penghuni dan petugas dalam rangka menegakkan peraturan perundang – undangan yang berlaku sesuai dengan prosedur standar yang telah ada.

Keteladanan petugas yang terwujud dalam cara menjalankan tugasnya akan menjadi contoh/cermin bagi penghuni di dalam bertingkah laku sehingga nantinya diharapkan dapat terwujud suatu profil petugas yang kokoh, tegar, gagah, lugas dan berwibawa yang dihormati oleh warga binaan, dihargai oleh masyarakat dan disegani oleh jajaran instansi penegak hukum yang lain.

Keteraturan ini juga terlihat pula dari rapinya administrasi perkantoran, rapinya lingkungan dan pelayanan terhadap warga binaan yang berorientasi terhadap Pengayoman dan Pembinaan. Untuk mewujudkan suatu hal tersebut mutlak pula diperlukan adanya partisipasi dari semua potensi yang ada dalam kehidupan di masyarakat, sehingga tercipta harmoni yang indah guna melaksanakan konsepsi Pemasyarakatan yang dijiwai oleh Pancasila dan Undang – Undang Dasar 1945.

PARA KEPALA RUTAN KELAS IIB BALIKPAPAN

Sejumlah nama yang pernah  memimpin Rutan Kelas IIB Balikpapan Pegawai Kementrian Hukum dan HAM adalah:

1. Drs. Amirudin (1990-1993)
2. Drs. Utuy Aprilia, Bc.IP. (1993-1998)
3. Drs. Subiyantoro, Bc.IP. (1998-2003)
4. Endang Sudirman, Bc.IP., S.Sos. (2003-2007)
5. Edy Hardoyo, Bc.IP., S.H. (2007-2009)
6. Imam Setya G, Bc.IP., S.H. (2009-2012)
7. Raden Nurwulanhadi P, Bc.IP., S.H. (2012-2014)
8. Budi Prajitno, A.Md.IP., S.H., M.H. (2014-2017)
9. H. Ismail, S.H., M.M. (2017)
10. Febbie Dwi Hartanto, A.Md.IP., S.H. (2017-2019)
11. Sopiana, A.Md.IP., S.H., M.M. (2019-2020)
12. Jul Herry Siburian, A.Md.IP., S.H. (2020-2021)